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研究院科研领域广泛涉及天然药化、精细化工、食品添加剂及农产加工等领域，特别是特种经济植物资源的产业化和基地建设方面，承担着国家“十一五”支撑计划项目、863重点项目、农业科技成果转化等多个项目，并与国内200个农业产业化基地有着紧密的技术合作关系。同时，南京野生植物研究院院设有国家技术监督局批准的部级野生植物制品监督检验测试中心，拥有现代化的分析检测仪器，能对天然化妆品种的植物活性成分进行分析测定，并出具有法定权威性检测报告。南京野生植物综合利用研究院日化研究所主要以我国传统中医药知识为依托，结合现代化的高新技术手段，研究并开发出一系列植物活性成份、日化功能性原料及纯天然护肤美容药妆产品，研究开发的各种天然化妆品是将传统中医药理论和现代科技结合，并按现代日化产业的工艺要求加以生产，严格按照国际标准；国家标准；部颁标准和企业标准执行。目前已推向市场并取得良好效益的产品有：维C乙基醚（美白祛斑剂）；植物抗皱剂；白芨粘多糖；速效祛痘精油；金缕梅提取物；植物蛋白肽；胶原蛋白肽粉； QT-182;乳化硅油；甲壳质粘多糖；植物祛痱止痒剂等。这一系列产品在国际知名品牌化妆品中得到广泛应用。
研究院在中国日化界享有较高的声誉，行业影响力巨大。发表学术论文100多篇，获得国家发明专利近10项（罗布麻提取物的制备方法及其在化妆品中的应用ZL201010519626.5，丹皮酚白芨多糖包合物及其制备工艺和应用ZL200810157199.3，白芨多糖胶精制工艺ZL200710191991.6等），取得鉴定成果30多项；有11项成果获得部省级科技进步奖（2009商业科技进步二等奖，小麦蛋白肽及其衍生物在日化产品中的应用研究；2008年商业科技进步一等奖，白芨多糖在日化产品中的应用研究等）。近年来，研究院日化所对蒲公英、白芨、金缕梅、紫苏、丹皮等植物提取物进行应用基础研究，以体外培养的人皮肤成纤维细胞为载体，研究植物活性成分对皮肤细胞的生长调节、延缓衰老作用，以及对皮肤消炎、止痒、消退色斑和痤疮的护肤作用，同时开展了对皮肤刺激性、变态性反应、光毒反应实验，以阐明植物活性成分对皮肤作用的机制。同时还致力于提高植物活性成分的纯度与活性，一方面利用超临界萃取技术、层析技术、膜法分离技术等先进技术提高产品的纯度，另一方面采用生物技术，对活性提取物进行酶法修饰，提高体外活性，如利用糖苷酶转化人参皂甙，利用生物转化技术提高白藜芦醇的有效含量。对白芨多糖，采用硫酸酯化修饰技术，提高其生物活性。研究院利用学科交叉和协作的优势，已成功开发出维C乙基醚（美白祛斑剂专利号：ZL200710130927.7）；植物抗皱剂（专利号ZL201010146371.2）；白芨粘多糖（专利号ZL03132343X）；速效祛痘精油；金缕梅提取物；植物蛋白肽；胶原蛋白肽粉；阳离子瓜尔胶等系列产品，因其功效显著、安全无副作用而得到广泛应用。研究院是江苏日化协会副理事长单位，在我国日化领域影响巨大，是我国日化产业创新战略联盟副主席单位。近20年来，与汕头友情精细化工实业有限公司长期合作，已打造“蒲公英”、“兰若”、“阿胶”等多个天然日化品牌，已申报蒲公英化妆品专利（专利号：ZL03132343.X）,使该企业成为广东省高新技术企业；2007年，我院与汕头康王精细化工实业有限公司合作，共同开发“白芨”牙膏系列产品在全国各地市场深受消费者喜爱,也申报了白芨中草药牙膏专利（专利号：ZL 200810157198.9）；2010年，我院与扬州十二粉黛生物工程有限公司合作，共同开发出“千纤草”丝瓜水系列产品在网落销售中排名第一，已共同申报丝瓜伤流液处理方法专利（专利号：ZL 201110105361.9），同时，自主品牌“绿妍千娇”全效护肤精油已隆重上市，这是研究院日化产业自主品牌迈向成功的又一大步。
研究所现设有植物病害、农业昆虫、农药、分子植病、有害生物天敌、农业有害生物监测预警、生物入侵、生物农药、杂草鼠害以及功能基因组与基因安全10个研究室，全面涵盖了当今植物保护学科的内容，基本形成了植物病理学、农业昆虫学、农药学、杂草鼠害科学、生物安全学以及功能基因组学等学科。综合处、科研管理与国际合作处、党办人事处三个职能部门以及后勤服务中心、廊坊科研中试基地和农药厂三个支撑部门。植物病虫害生物学国家重点实验室、农业部农药化学与应用技术重点开放实验室、农业部植物病虫害抗性监督检验测试中心、国家转基因农作物检测与监测中心(北方)、农业部生物防治重点实验室、农业部外来入侵生物预防与控制中心、中美合作生物防治实验室、内蒙古锡林格勒草原有害生物防治野外试验站、中国植物保护学会以及中国植物保护标本馆等均依托本所。
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